当个人已经自行缴纳了社保，而公司也为其缴纳了社保时，处理方式可以按照以下步骤进行：

核实社保缴纳情况：

首先，个人应核实自己的社保缴纳情况，确保已经明确知道自己和公司分别缴纳了哪些社保项目以及缴纳的时间段。

与公司沟通：

如果确认存在重复缴纳的情况，个人应与公司的人力资源部门或财务部门进行沟通，了解公司的社保缴纳政策和具体情况。

申请社保退回：

如果公司同意，个人可以向社保局申请退回重复缴纳的社保费用。申请时，需要准备身份证、社保卡等相关材料，并按照社保局的要求填写申请表格。

根据《社会保险法》的相关规定，个人和单位都有权查询自己的缴费记录和个人权益记录，因此个人在申请退回时，应提供充分的证明材料，确保申请的合法性和有效性。

处理后续事宜：

在申请退回成功后，个人应确保自己的社保关系得到妥善处理。如果需要，可以向社保局申请将公司缴纳的社保费用转移到个人账户中，以便后续使用。

同时，个人也应注意保持与公司的良好沟通，确保在离职后社保关系能够得到妥善处理，避免因为社保问题而影响自己的个人权益。

注意事项：

在处理此类问题时，个人应充分了解相关的法律法规和政策规定，确保自己的权益得到保障。

如果与公司沟通无果或遇到其他困难，个人可以向当地劳动监察部门或劳动仲裁机构寻求帮助和支持。

综上所述，当个人已经自行缴纳了社保而公司也为其缴纳了社保时，应通过核实情况、与公司沟通、申请社保退回等步骤来妥善处理重复缴纳的问题，并注意保持与公司的良好沟通，确保自己的社保关系得到妥善处理。